Prinzenmoor liegt etwa 15 km südwestlich von Rendsburg in einer Moorlandschaft an der Eider. Die Bundesstraße 203 von Rendsburg nach Heide führt durch den Ort.
Prinzenmoor wurde 1761 im Rahmen der Geestkolonisation gegründet. Der Ort war eine der ersten Geestkolonien und wurde nach dem Sohn des dänischen Königs Friedrich V. benannt. Da die Bewirtschaftung der kargen Böden mit der damaligen Technologie jedoch schwierig war, flohen zwölf der sechzehn südwestdeutschen Familien 1764 aus dem Kolonistendorf. Dabei wurden sie jedoch gefasst und hart bestraft, einige mussten beim Festungsbau in Rendsburg helfen, andere wurden auf neue Kolonistenstellen versetzt, ein Kolonist wurde ausgewiesen.
Im 19. Jahrhundert befanden sich Glashütten im Gemeindegebiet.
